ГлавнаяОб институтеСтруктура институтаИнновационный отдел

Лаборатория патогеномики и транскриптомики

Заведующий лабораторией — д.б.н., профессор Брага Элеонора Александровна
тел.:—

eleonora10_45@mail.ru

pathogenomics@niiopp.ru

 

Из истории лаборатории. Лаборатория организована в июле 2013г.

Основные направления деятельности и достижения

1.Роль метилирования и микроРНК в регуляции опухоль-ассоциированных генов в патогенезе эпителиальных опухолей, включая рак молочной железы, яичников, почки и легкого.
2.Разработка концепции и методологических аспектов генетической и эпигенетической регуляции метаболизма гомоцистеина, метионина и фолиевой кислоты в норме и патологии.

В лаборатории патогеномики и транскриптомики на протяжении ряда лет проводится системный анализ влияния таких эпигенетических факторов как уровень миРНК и метилирование регуляторных CpG-островков генов миРНК и белок-кодирующих генов (БКГ) на развитие и прогрессию эпителиальных опухолей разных локализаций. Приоритетным стало обнаружение новых гиперметилируемых миРНК при раке почки (РП), молочной железы (РМЖ) и яичников (РЯ). Показана четкая корреляция между метилированием и понижением уровня экспрессии на примере 10-14 миРНК при РП, РМЖ и РЯ, что подтвердило функциональную значимость этой модификации. Также была показана ассоциация метилирования генов миРНК с клинико-патологическими параметрами прогрессии опухолей, включая метастазирование. Связь 10 генов миРНК с метастазированием РЯ подтверждена при анализе перитонеальных метастазов. Данные по метилированию генов миРНК позволили составить системы маркеров для диагностики РП, РМЖ и РЯ и прогноза метастазирования РП и РЯ (Патенты на изобретение №266911 от 2018, № 2683251 от 2019 гг.).
Разработанные системы маркеров отличают высокие показатели чувствительности, специфичности (85-95%) и величины AUC {0.9-0.95}. Кроме того, в рамках гранта РНФ №14-15-00654 получены данные о потенциальных прямых и опосредованных взаимодействиях для ряда пар миРНК-мРНК и с помощью трансфекции клеточной линии РМЖ MCF7 с применением ряда методов получены результаты, свидетельствующие о возможности именно прямого взаимодействия в парах miR-124-BCL2 и miR-34a/c-CCND1.

 

Основные публикации за 2019-2024 гг.

  1. Апанович Н.В., Логинов В.И., Филиппова Е.А., Д.С. Ходырев, А.М. Бурдённый, И.В. Пронина, Н.А. Иванова, С.С. Лукина, Т.П. Казубская, В.Б. Матвеев, А.В. Карпухин, Э.А. Брага. Метилирование группы генов микроРНК: маркеры прогноза метастазирования почечно-клеточного рака. //Онкоурология. —  2020- 6(4) — С. 32–38. Опубликовано: ноябрь 2020 г. https://doi.org/10.17650/1726-9776-2020-16-4-32-38
  2. Кушлинский Н. Е., Фридман М. В., Брага Э. А. Длинные некодирующие РНК как конкурентные эндогенные РНК при остеосаркоме. // МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОЛОГИЯ — 2020 — Том 54, № 5 — С. 776-801. Опубликовано: май 2020 г. https://doi.org/10.31857/S0026898420050055
  3. Кушлинский Н.Е., Уткин Д.О., Логинов В.И., Филиппова Е.А., Бурдённый А.М., Кушлинский Д.Н., Пронина И.В., Брага Э.А. Клиническая значимость метилирования группы генов микроРНК у больных раком яичников. // Клиническая лабораторная диагностика. — 2020 — Том 65, № 5 — С. 321-327. https://doi.org/10.18821/0869-2084-2020-65-5-321-327
  4. Лукина С.С., Бурденный А.М., Заварыкина Т.М., Рябчиков Д.А., Казубская Т.П., Круглова М.П., Логинов В.И. Роль полиморфных маркеров гена ESR1 в развитии рака молочной железы и резистентности к терапии тамоксифеном. // Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. — 2020 — Том 170, № 9 — С. 345-351. Опубликовано: сентябрь 2020г. https://doi.org/10.47056/0365-9615-2020-170-9-345-351
  5. Kushlinskii N.E., Loginov V.I., Utkin D.O., Filippova E.A., Burdennyy A.M., Korotkova E.A., Pronina I.V., Lukina S.S., Smirnova A.V., Gershtein E.S., Braga E.A. Novel miRNAs as Potential Regulators of PD-1/PD-L1 Immune Checkpoint, and Prognostic Value of MIR9-1 and MIR124-2 Methylation in Ovarian Cancer. // Molekuliarnaia biologiia. — 2020 — Volume 54, Issue 6 —  1 — P. 990-996. Published: November 2020. https://doi.org/10.31857/S0026898420060075
  6. Safonova T.N., Surnina Z.V., Zaitseva G.V., Burdennyi A.M., Loginov V.I. The Role of Polymorphic Markers rs1478604, rs2292305, and rs2228262 in THBS1 Gene in the Development of Autoimmune Dry Eye Syndrome. // Bulletin of Experimental Biology and Medicine. — 2020 — Volume 169, Issue 5 — P. 707-709. Published: 29 September 2020. http://doi.org/10.1007/s10517-020-04960-0
  7. Логинов В.И., Филиппова Е.А., Ходырев Д.С., Бурденный А.М., Пронина И.В., Иванова Н.А., Лукина С.С., Казубская Т.П., Апанович Н.В., Матвеев В.Б., Карпухин А.В., Брага Э.А. Метилирование группы генов микроРНК: маркеры прогноза метастазирования почечно-клеточного рака. // Онкоурология. — 2020 — Т. 16 №4 — С. 29-36. https://doi.org/10.17650/1726-9776-2020-16-4-32-38
  8. Брага Э.А., Логинов В.И, Пронина И.В, Бурденный А.М., Филиппова Е.А., Лукина С.С., Иванова Н.А., Смирнова А.В., Ходырев Д.С., Уткин Д.О., Казубская Т.П., Кушлинский Н.Е. Метилирование генов микроРНК: новые маркеры для диагностики и прогноза метастазирования рака яичников. // Онкогинекология. — 2020 — Т. 34, №1 — С. 4-15.  http://www.osors.ru/oncogynecology/JurText/j2020_1/01_20_04.pdf
  9. Лукина С.С., Заварыкина Т.М., Иванова Н.А., Пронина И., Казубская Т.П., Круглова М.П., Рябчиков Д.А., Логинов В.И., Бурденный А.М. Роль полиморфных маркеров генов GSTP1 и MTHFR в снижении чувствительности к терапии доксорубицином у пациенток с раком молочной железы. // Патогенез. — 2020 — Т. 18, № 3 — С. 53-60. Опубликовано: 16.09.2020 г. https://doi.org/10.25557/2310-0435.2020.03.53-60 
  10. Иванова Н.А., Бурденный А.М., Логинов В.И., Кураева Т.Л., Носиков В.В. Роль полиморфных маркеров гена il10 в патогенезе сахарного диабета 1-го типа. // Патологическая физиология и экспериментальная терапия — 2020 — Том 64, № 3 — С. 29-33. Опубликовано: 21.08.2020 г. https://doi.org/10.25557/0031-2991.2020.03.29-33
  11. Braga E.A., Fridman M.V., Moscovtsev A.A., Filippova E.A., Dmitriev A.A., Kushlinskii N.E. LncRNAs in ovarian cancer progression, metastasis, and main pathways: Cerna and alternative mechanisms. // International Journal of Molecular Sciences — 2020 — Volume 21, Issue 22 — Article number 8855 — P. 1-44. Published: 23 November 2020. https://doi.org/10.3390/ijms21228855
  12. Filippova E.A., Loginov V.I., Pronina I.V., Khodyrev D.S., Burdennyy A.M., Kazubskaya T.P., Braga E.A. A Group of Hypermethylated miRNA Genes in Breast Cancer and Their Diagnostic Potential. // Mol. Biol. (Mosk). — 2019 — 53(3) — P. 421-429. Published: May-Jun 2019. https://doi.org/10.1134/S0026898419030054
  13. Коротаева А.А., Апанович Н.В., Брага Э.А., Матвеев В.Б., Карпухин А.В. Современные достижения в иммунотерапии рака почки. // Онкоурология — 2019 — 15(4) — P. 30–38.  https://doi.org/10.17650/1726-9776-2019-15-4-30-38
  14. Braga E.A., Filippova E.A., Loginov V.I., Pronina I.V., Burdennyi A.M., Kazubskaya T.P., Fridman M.V., Khodyrev D.S., Kushlinskii N.E. Marker Systems Based on MicroRNA Gene Methylation for the Diagnosis of Stage I-II Breast Cancer. // Bulletin of Experimental Biology and Medicine. — 2019 — Vol. 168, No. 2 — P. 280-284. Published: December 2019. https://doi.org/10.1007/s10517-019-04691-x
  15. Braga E.A., Burdennyy A.M., Pronina I.V., Filippova E.A., Kazubskaya T.P., Fridman M.V., Khodyrev D.S., Karpukhin A.V., Loginov V.I. & Kushlinskii N. E. System of Markers Based on the Methylation of a Group of Proapoptotic Genes in Combination with MicroRNA in the Diagnosis of Breast Cancer. // Bull. Exp. Biol. Med. — 2020 — 168(3) — 366-370. https://doi.org/10.1007/s10517-020-04710-2
  16. Filippova E.A., Loginov V.I., Burdennyi A.M., Braga E.A., Pronina I.V., Kazubskaya T.P., Kushlinskii D.N., Utkin D.O., Fridman M.V., Khodyrev D.S., Kushlinskii N.E. Hypermethylated Genes of MicroRNA in Ovarian Carcinoma: Metastasis Prediction Marker Systems. // Bull. Exp. Biol. Med. — 2019 —  Volume 167, Issue 1 — P. 79-83. Published: 15 May 2019. https://doi.org/10.1007/s10517-019-04465-5
  17. Рябчиков Д.А., Логинов В.И., Казубская Т.П., Бурденный А.М., Филиппова Е.А., Лукина С.С., Пронина И.В., Дудина И.А., Чхиквадзе Н.В., Воротников И.К., Брага Э.А. Роль метилирования группы генов короткого плеча хромосомы 3 в диагностике и прогнозе биологических подтипов рака молочной железы. // Вопросы онкологии. — 2019 — Т. 65. № 4 — С. 556-564.
  18. Брага Э.А., Пронина И.В., Уткин Д.О., Филиппова Е.А.,  Бурденный А.М., Логинов В.И.,Фридман М.В., Казубская Т.П., Кушлинский Н.Е. Гиперметилирование генов микроРНК miR-124, miR-125b, miR-127 и miR-129 в карциноме яичников вовлечено в подавление их экспрессии и ассоциировано как с развитием, так и с прогрессией рака яичников. // Альманах клинической медицины. — 2019 — 47 (1) — С. 47-53. https://doi.org/10.18786/2072-0505-2019-47-003
  19. Рябчиков Д.А., Филиппова Е.А., Пронина И.В., Бурденный А.М., Лукина С.С., Казубская Т.П., Воротников И.К., Дудина И.А., Казаков А.М., Талипов О.А., Логинов В.И., Брага Э.А., Титов К.С. Роль метилирования 5 генов из района 3р21.31 в патогенезе молекулярных подтипов рака молочной железы. // Практическая онкология. — 2019 — Т. 20, № 1 — С. 43-51. Опубликовано: март 2019. https://doi.org/10.31917/2001043
  20. Braga E.A., Fridman MV, Loginov V.I., Dmitriev AA, Morozov S.G. (24 Апр.2019) Molecular Mechanisms in Clear Cell Renal Cell Carcinoma: Role of miRNAs and Hypermethylated miRNA Genes in Crucial Oncogenic Pathways and Processes. // Front. Genet. — 10:320. Published:24 April 2019. https://doi.org/10.3389/fgene.2019.00320 
  21. Braga EA, Fridman MV, Moscovtsev AA, Filippova EA, Dmitriev AA, Kushlinskii NE. LncRNAs in Ovarian Cancer Progression, Metastasis, and Main Pathways: ceRNA and Alternative Mechanisms. Int J Mol Sci. 2020 Nov 23;21(22):E8855. doi: 10.3390/ijms21228855.
  22. Filippova E.A., Burdennyy A.M., Loginov V.I., Pronina I.V., Lukina S.S., Braga E.A., Fridman M.V., Dmitriev A.A. Long noncoding RNA GAS5 in breast cancer: epigenetic mechanisms and biological functions. Int J Mol Sci. 2021; 22(13):6810. doi: 10.3390/ijms22136810.
  23. Braga EA, Fridman MV, Filippova EA, Loginov VI, Pronina IV, Burdennyy AM, Karpukhin AV, Dmitriev AA, Morozov SG. LncRNAs in the Regulation of Genes and Signaling Pathways through miRNA-Mediated and Other Mechanisms in Clear Cell Renal Cell Carcinoma. Int J Mol Sci. 2021; 22(20):11193. doi: 10.3390/ijms222011193.
  24. Loginov V.I., Pronina, I.V., Filippova E.A., Burdennyy A.M., Lukina S.S., Kazubskaya, T.P., Uroshlev L.A., Fridman, M.V., Brovkina O.I., Apanovich N.V., Karpukhin A.V., Stilidi I.S., Kushlinskii N.E., Dmitriev A.A., Braga E.A. Aberrant Methylation of 20 miRNA Genes Specifically Involved in Various Steps of Ovarian Carcinoma Spread: From Primary Tumors to Peritoneal Macroscopic Metastases. Int. J. Mol. Sci. 2022, 23, 1300. doi: 10.3390/ijms23031300.
  25. Pronina I.V., Uroshlev L.A., Moskovtsev A.A., Zaichenko D.M., Filippova E.A., Fridman M.V., Burdennyy A.M., Loginov V.I., Kazubskaya T.P., Kushlinskii N.E., Dmitriev A.A., Braga E.A., Brovkina O.I. Dysregulation of LncRNA–miRNA– mRNA Interactome as a Marker of Metastatic Process in Ovarian Cancer. Biomedicines 2022, 10, 824. DOI: 10.3390/biomedicines10040824
  26. Postnikov P.V., Efimova Y.A., Pronina I.V. Circulating MicroRNAs as a New Class of Biomarkers of Physiological Reactions of the Organism to the Intake of Dietary Supplements and Drugs. MicroRNA. 2022. Volume 11. Issue 1. P. 25-35. DOI: 10.2174/2211536611666220422123437.
  27. A. Braga, M.V. Fridman, A.M. Burdennyy, E.A. Filippova, V.I. Loginov, I.V. Pronina, A.A. Dmitriev, N.E. Kushlinskii. The Mechanism of Competing Endogenous RNAs in the Regulation of miR-124 Function as a Key Epithelial Cancer Suppressor. Int. J. Mol. Sci. 2022, 23, 13620. doi: 10.3390/ijms232113620
  28. Pronina I.; Lukina S.; Loginov V.; Burdennyy A.; Kazubskaya T.; Braga E.; Filippova E. Experimental Identification of Aberrantly Expressed Long Non-Coding RNAs in Breast Cancer. Med. Sci. Forum 2023, 3, 1-6. doi: 10.3390/ECB2023-14083.
  29. Apanovich, N.; Matveev, A.; Ivanova, N.; Burdennyy, A.; Apanovich, P.; Pronina, I.; Filippova, E.; Kazubskaya, T.; Loginov, V.; Braga, E.; Alimov A. Prediction of Distant Metastases in Patients with Kidney Cancer Based on Gene Expression and Methylation Analysis. Diagnostics 2023, 13, 2289. 3390/diagnostics13132289
  30. Braga, E.A.; Fridman, M.V.; Burdennyy, A.M.; Loginov, V.I.; Dmitriev, A.A.; Pronina, I.V.; Morozov, S.G. Various LncRNA Mechanisms in Gene Regulation Involving miRNAs or RNA-Binding Proteins in Non-Small-Cell Lung Cancer: Main Signaling Pathways and Networks. Int. J. Mol. Sci. 2023, 24, 13617. https://doi.org/10.3390/ijms241713617

     Монографии и главы в монографиях

  1. Логинов В.И., Брага Э.А., Кушлинский Н.Е. Гиперметилируемые гены и микроРНК как маркеры почечно-клеточного рака. Глава 8 в книге: Рак почки: клинические и экспериментальные исследования // Под ред. Н.Е. Кушлинского, В.Б. Матвеева, Н.А. Огнерубова, М.И. Давыдова. М.: Издательство РАМН. 2019. Стр. 212-276.

     Учебники, руководства, методические пособия и т.п.:

  1. Новые молекулярные маркеры люминального рака молочной железы / Составители: Рябчиков Д.А., Воротников И.К., Дудина И.А., Чулкова С.В., Егорова А.В., Стилиди И.С., Казаков А.М., Талипов О.А., Титов К.С., Денчик Д.А., Казубская Т.П., Бурденный А.М., Логинов В.И., Абу-Хайдар О.Б. – Учебное пособие. М.: ФГБОУ ВО РНИМУ им. Н.И. Пирогова Минздрава России, 2019. — 81 с.

     Патенты на изобретения, полезные модели, программы для ЭВМ:

  1. Логинов В.И., Ходырев Д.С., Брага Э.А., Береснева Е.В., Пронина И.В., Бурденный А.М., Казубская Т.П., Карпухин А.В. Способ диагностики светлоклеточного почечно-клеточного рака и способ прогнозирования метастазирования на основе группы генов микроРНК. // Патент №2683251, регистрация 27 марта 2019 г.
  2. Логинов В.И., Ходырев Д.С., Брага Э.А., Бурденный А.М., Пронина И.В., Филиппова Е.А. Казубская Т.П. Способ для диагностики рака яичников на основе группы генов микроРНК. // Патент №2703399, 16 октября 2019 г.

Несколько рисунков по научной тематике с пояснениями