С началом Великой Отечественной войны советского народа с немецко-фашистскими захватчиками резко изменилось основное направление научной деятельности Всесоюзного института экспериментальной медицины (ВИЭМ), являвшегося предшественником Института общей патологии и патофизиологии (в настоящее время Федеральное государственное бюджетное учреждение «Научно-исследовательский институт общей патологии и патофизиологии»). Организатором и первым директором Института общей патологии патофизиологии (с 1944 по 1953 гг.) был ученик И.П.Павлова выдающийся ученый-патолог академик АН СССР и АМН СССР Алексей Дмитриевич Сперанский, автор знаменитой теории нервизма в патологии, основатель научной школы советских патофизиологов, оказавшей большое влияние на развитие советской медицины.
Для продолжения научной работы под общим всесоюзным лозунгом «Все для фронта! Все для Победы!» Институт был эвакуирован в тыл, хотя многие сотрудники ушли на фронт.
Академик Сперанский, как и многие его коллеги, отказался эвакуироваться. Обладая опытом военного врача, он добровольно вступил в Красную Армию в первый же день войны и поступил в распоряжение Главного военно-санитарного управления Красной Армии, где выполнял ответственные задания по организации противоэпидемических мероприятий, проводил семинары и конференции армейских врачей. Рискуя жизнью, генерал-майор медицинской службы А.Д.Сперанский часто выезжал на передовые позиции, в дивизионные и армейские госпитали, попадал под шквальные обстрелы и бомбежки.
Очевидцы рассказывали, что Алексей Дмитриевич не считал нужным пригибать голову, будучи на передовой в окопах и траншеях, тем самым подвергая свою жизнь опасности. Было неизвестно, эта дерзость являлась выражением презрения к врагу или это был вызов нелегкой опасной судьбе. Будучи хирургом, а также по опыту практической работы в годы Первой мировой войны, во время Великой Отечественной войны А.Д. Сперанский консультировал тяжелые ранения грудной полости. Результаты работы А.Д. Сперанского на фронтах Великой Отечественной войны оперативно отражались в публикациях 1942-1945 гг .
Воинские заслуги А.Д. Сперанского отмечены медалями «За оборону Москвы (1941), «За победу над Германией в Великой Отечественной войне» (1945), «За доблестный труд в Великой Отечественной войне». В 1942 году академик награжден Орденом Трудового Красного Знамени «За успешное проведение противоэпидемических мероприятий и самоотверженную работу в эвакогоспиталях».
В военном 1943 году академик Сперанский был удостоен высшей награды советского ученого того времени − Сталинской премии «За разработку теории о роли нервной системы в болезненных процессах».
О высокой гражданственности и патриотизме Алексея Дмитриевича Сперанского убедительно говорит его решение передать Сталинскую премию в Фонд Главного командования Красной Армии. Ниже приводится письмо А.Д. Сперанского Главнокомандующему И.В. Сталину и ответ И.В. Сталина, опубликованные в газете «Известия» (25 марта 1943 г., № 70).
«ДОРОГОЙ ИОСИФ ВИССАРИОНОВИЧ!
Правительство Союза отметило мою деятельность присуждением премии Вашего имени. Время, которое мы переживаем, делает это отличие исключительным. Родившись и получив первоначальное воспитание в старое время, я начал думать и действовать по-настоящему только в советский период, когда впервые на деле перед учеными всех специальностей встал вопрос о единых формах движения и оценки науки. Я сделал попытку осуществить это в одной из очень трудных систем в медицине. Я не имею никаких оснований полагать, что эта попытка себя не оправдает. Я радуюсь также тому, что вместе с другими я получил возможность материально содействовать укреплению нашей обороны. Поэтому прошу Вас принять от меня в фонд Главного Командования присуждённую мне премию в размере 100 000 рублей.
Искренне Вам преданный
А. СПЕРАНСКИЙ
Академик Алексей Дмитриевич Сперанский»
В ответ А.Д.Сперанский получил короткое письмо от вождя:
«Товарищу А. СПЕРАНСКОМУ.
Примите мой привет и благодарность Красной Армии, Алексей Дмитриевич, за Вашу заботу о вооружённых силах Советского Союза.
И. СТАЛИН»
Соратники Сперанского разъехались по разным фронтам, часть в отдаленный от Москвы тыл, но Школа не распалась: ученые занимались не только сугубо практической военной тематикой в прикладном аспекте, но и продолжали научную деятельность с позиций нервизма в патологии.
Будучи в Армии, академик Сперанский сохранил научное руководство отделом общей патологии, эвакуированным в Томск. Отдел занимался изучением травматического шока, раневых инфекций, патогенным влиянием боевых отравляющих веществ на организм, разработкой методов терапии данной патологии.
Генерал-майор медицинской службы А.Д. Сперанский и его соратники внесли существенный вклад в разработку патогенеза раневых анаэробных инфекций, сопутствующих военному времени. Эта тема сохранялась в исследованиях Института и в послевоенные пятидесятые годы.
Академик А.Д. Сперанский закончил войну в чине генерал-майора медицинской службы. В течение всей жизни Алексей Дмитриевич был страстным поборником мира.